Die Evangelos Pistiolis Stiftung ist eine eingetragene Stiftung unter Aufsicht des Bundes gemäss Art. 84 des Schweizerischen Zivilgesetzbuchs (ZGB). Die Aufsicht übt die Eidgenössische Stiftungsaufsichtsbehörde (FSAF) aus, die dem Generalsekretariat des Eidgenössischen Departements des Innern (EDA) zugeordnet ist.
Im Rahmen ihrer Aufsichtstätigkeit prüft die FSAF, ob die Mittel der Evangelos Pistiolis-Stiftung für den vorgesehenen Zweck verwendet werden. Die Evangelos Pistiolis Stiftung bietet der FSAF volle Transparenz über die Verwendung der Mittel und die Organisation. Zu diesem Zweck legt der Stiftungsrat der Evangelos-Pistiolis-Stiftung der FSAF den Jahresbericht mit einer umfassenden Beschreibung der Aktivitäten und der Angabe anderer wichtiger Ereignisse während des Berichtsjahres, eine Liste der berücksichtigten Spenden/Projekte mit Name und Höhe, den unterzeichneten Bericht der Revisionsstelle mit dem vollständigen Jahresabschluss sowie das vollständige und ordnungsgemäß unterzeichnete Protokoll des Stiftungsrats über die Genehmigung des geprüften Jahresabschlusses und des Jahresberichts vor.
Jedes Regelwerk und seine Änderungen werden der FSAF zur Genehmigung vorgelegt.